Niedersachsen verfügt mit 39 See- und Binnenhäfen über eine in Europa einzigartige Hafendichte von erheblicher wirtschaftlicher und strukturpolitischer Bedeutung für die Küstenregionen. Der Güterumschlag in den neun niedersächsischen Seehäfen boomt; immer größere Schiffe bestimmen das Bild der internationalen Warenströme. Der Containerverkehr in Nordeuropa hat außergewöhnliche Zuwachsraten. Als Infrastruktureinrichtungen sind insbesondere die Häfen Brake, Cuxhaven, Emden, Stade und Wilhelmshaven von besonderem wirtschaftlichem Interesse für Niedersachsen. Der JadeWeserPort Wilhelmshaven (JWP) wird nach seiner Inbetriebnahme (August 2012) das Leistungsangebot der deutschen Seehafenwirtschaft nachhaltig stärken. Containerschiffe neuester Generation können über Deutschlands einzigen Tiefwasserhafen tideunabhängig und mit kurzer Revierfahrt abgefertigt werden. Als Drehscheibe Europas ermöglicht der JWP internationalen Investoren eine optimale Erreichbarkeit und Erschließung der europäischen und skandinavischen Märkte sowie der osteuropäischen Länder und Russlands. Die wasserseitige Verknüpfung der Seehäfen mit dem Hinterland erfolgt über die niedersächsischen Binnenhäfen und Umschlagstellen entlang der Binnenwasserstraßen, in Verbindung mit dem Straßen- und Schienennetz. Die Hinterlandanbindung wird als Gesamtverkehrssystem kontinuierlich optimiert und ausgebaut.

Die niedersächsische Schiffbauindustrie verfügt über ein breit gefächertes Spektrum von Werften unterschiedlicher Größenklassen, die in verschiedenen Segmenten des Schiff- und Bootsbaus aktiv sind. Derzeit umfasst dieser Sektor rund 6.400 Arbeitskräfte, das ist mehr als ein Viertel der in Deutschland in diesem Bereich Beschäftigten. Die Kernkompetenzen liegen im Bau von nichtstandardisierten, technologie- und ausrüstungsintensiven Schiffstypen, insbesondere Kreuzfahrtschiffen, Yachten, Rettungsbooten, Marineschiffen und anderen Spezialschiffen. Niedersachsen ist in Deutschland das Schiffbauland Nr. 1. Die Exportquote von 85 % resultiert besonders aus den Ablieferungen im Kreuzfahrtschiff- und Yachtbau. Im Schiffbau entfallen heute etwa 70 % der Wertschöpfung auf die Zulieferindustrie. Diese umfasst dabei unterschiedliche Branchen desproduzierenden Gewerbes sowie des Dienstleistungssektors. In Niedersachsen gibt es fast 150 Schiffbauzulieferbetriebe mit rund 7.200 Beschäftigten. Die Betriebe sind in allen Bereichen des Schiffbaus (System- und Komponentenfertigung, Materiallieferung, Fertigungs- und Montageleistungen sowie Entwurfs und Konstruktionsaufgaben) tätig. Die Zulieferer sind insbesondere im Spezialschiffbau involviert, wo innovative Technologien und individuelle Anforderungen dominieren. Diese erfordern enge Kooperationen in Forschung und Entwicklung.

Offshore Technologien sind ein besonderer Bereich der Meerestechnik, bei dem Niedersachsen als Nordseeanrainer und Flächenland über enorme Chancen zur verstärkten Nutzung der On- und Offshore-Windenergie verfügt. Das Land hat das große Potenzial der maritimen Wirtschaft erkannt und investiert verstärkt in diesen Bereich. Bereits 2003 wurden mit einemMasterplan die Weichen für die benötigte Infrastruktur gestellt. Diese wird fortlaufend an den steigenden Bedarf angepasst und optimiert. Die niedersächsischen Nordseehäfen Cuxhaven, Emden und Brake wurden für den Schwerlastbetrieb als Offshore-Basisstandorte ausgebaut und vor der niedersächsischen Nordseeküste hat die Errichtung von weiteren Offshore-Windparks begonnen. Dazu zählen die Großinvestitionsprojekte BARD Offshore 1 (der erste kommerzielle Windpark mit 80 Windenergieanlagen und 400 MW Leistung) sowie das Testfeld alpha ventus, das mit 12 Anlagen bereits seit 2010 Strom produziert. Mit durchschnittlich 5 MW Leistung geplante Anlagen können in der Nordsee eine doppelt so hohe Volllastzeit erreichen wie an Land (etwa 4.000 Stunden im Jahr). Durch die hohen Wassertiefen (30 bis 40 Meter) ist allerdings der Aufwand für die Gründungstechnik verhältnismäßig hoch. Für die schon genehmigten Offshore-Windkraftanlagen (ca. 6.000 MW), die ihren Strom in Niedersachsen einspeisen werden, sind erhebliche Investitionen notwendig.